[Anta]

Варианта, на самом деле, только два.
1) Аппаратный -- USB порты, расшаренные на материнке (если ты именно их юзаешь, а не выведенные на переднюю панель) сгорают/портятся очень редко в силу многофазного питания и сложной системы блокировки от перегрузок. В таком случае проблема аппаратная может быть во флешке. Зачастую вышедший из строя контроллер чтения/записи -- это 99% случаев выхода флешек из строя (симптомы -- медленно работает, вообще не работает, показывает объем меньше заявленного). Исправление возможно, но стоит бешеных денег и используют лишь для того, чтобы извлечь секретные тайны твоей флешки.
2) Проблема программная -- если бы драйвер устройства неправильно определялся или вообще не определялся, то у тебя бы не работала флешка в принципе. В ином случае возможен вариант с слишким долгим индексированием файлов -- причина в неправильно работающем антивирусе (эвристический онлайн-анализ данных и последствующая отправка статистики на сервер производителия -- опция зачастую активированная подефолту во многих нубских антивирях, типа AVG или Comodo) или в вирусах.

Вот и думай что у тебя.